Area of Ecological Importance) - Protected Planet na podstawie aktu prawnego DPA - GN 827/02, specjalny obszar ochrony siedlisk o znaczeniu międzynarodowym (ang. Special Areas of Conservation - International Importance) - Environment and Resources Authority - Protected Planet, azyl dla ptaków (ang. bird sanctuary) - Protected Planet oraz jako obszar specjalnej ochrony ptaków (ang. Special Protection Area, SPA) - Protected Planet. Ma również status specjalnego obszaru ochronnego w ramach programu Natura 2000Sitename Filfla Site MT0000016 - Natura 2000 - Standard Data Form - natura2000malta.org.mt.
Na wysepce rozmnażają się trzy gatunki ptaków morskich: nawałnik burzowy (szacunkowo 5000–8000 par), Calonectris borealis (ok. 200 par) i mewa romańska (ok. 130 par).
Murówka maltańska (Podarcis filfolensis ssp. filfolensis) i świdrzyk (Lampedusa imitatrix gattoi) są endemiczne dla Filfly. Występuje tam również okazały dziki czosnek, osiągający do 1,8 m.