W latach 1946−47 na istniejącym fundamencie posadowiono nowe metalowe ogrodzenie. Pierwszego pogrzebu dokonano już po uporządkowaniu cmentarza i uzyskaniu oficjalnej zgody na pochówki. W roku 1947 bądź 1948 na cmentarzu spoczął mierniczy Michał Szpakowski (zabity w bandyckim napadzie w Podkowie Leśnej 30 grudnia 1945 roku, ekshumowany z cmentarza kaukaskiego).
6 sierpnia 1977 roku prawosławny metropolita warszawski i całej Polski Bazyli zezwolił na karaimskie pochówki również na części cmentarza prawosławnego, przylegającej do nekropolii karaimskiej (wydzielając na nim karaimską kwaterę o powierzchni 1375 m²). Równocześnie zarząd Karaimskiego Związku Religijnego starał się o poszerzenie cmentarza poprzez przyłączenie do niego niezagospodarowanego terenu pomiędzy cmentarzem karaimskim a obwałowaniem cmentarza prawosławnego. Umowę przekazania nieruchomości o powierzchni 1122 m² sporządzono 12 kwietnia 1994 roku. W roku 1996 zakończono wykonywanie ogrodzenia powiększonego cmentarza.
Między rokiem 1947 a 2010 na cmentarzu dokonano osiemdziesięciu jeden pochówków (trzech pochówków dokonano w kwaterze karaimskiej cmentarza prawosławnego na Woli).
Cmentarz liczy ok. 100 mogił. Nagrobki są typowe, inskrypcje napisane są w języku karaimskim.