preparat dla chorych na hemofilię, o którym wiedziano, że może prowadzić do zarażenia się wirusem HIV.
W latach 1981–1999 Bayer posiadał większość udziałów w Agfa-Gevaert Group – znanym belgijsko-niemieckim producencie akcesoriów fotograficznych i kserkopiarek. W czerwcu 2002 roku Bayer przejął Aventis CropScience, prowadząc działalność w dziedzinie ochrony roślin. W październiku AG stał się pierwszą prawnie niezależną podgrupą przedsiębiorstwa Bayer.
W 2004 roku Bayer został pierwszym partnerem z sektora prywatnego Programu Środowiskowego Organizacji Narodów Zjednoczonych (UNEP) w dziedzinie ochrony środowiska i edukacji młodzieży.
W 2006 roku Bayer przejął spółkę z siedzibą w Berlinie, która oficjalnie została przemianowana na .
W 2015 roku oddział Bayer MaterialScience został przekształcony w niezależną spółkę Covestro.
W maju 2016 roku Bayer AG złożył ofertę przejęcia biotechnologicznego giganta Monsanto w wysokości 62 mld USD, odrzuconą jako zbyt niską. We wrześniu 2016 roku zarząd Monsanto zaakceptował trzecią ofertę przejęcia za kwotę 66 mld USD, z karą 2 mld USD w przypadku odrzucenia transakcji przez regulatorów.