Zarzuty i wyroki W 1997, pod wpływem krytyki ze strony Kościoła, wysłał listy z pogróżkami do przeora Jasnej Góry, za co został skazany na półtora roku więzienia w zawieszeniu na trzy lata. Wkrótce trafił do szpitala psychiatrycznego, gdzie stwierdzono u niego niepoczytalność. Zdaniem zwolenników Matuszewskiego nie był on autorem powyższych listów. W 2002 został aresztowany pod zarzutem przygotowywania zamachu na papieża.
We wrześniu 2003 Matuszewski i dwie jego współwyznawczynie (Anna W.-S. oraz Irena Barcz) zostali oskarżeni o napad na byłą członkinię Bractwa Zakonnego Himavanti. Napastnicy zabrali jej obrączkę i telefon komórkowy. Zdaniem śledczych „Mohan” próbował także wymusić podpis na fałszywym przyznaniu się do długu. Wyrok w tej sprawie zapadł w 2005. Podczas pobytu w areszcie kilka razy obraził bydgoskich prokuratorów i sędziów. Irena Barcz była poszukiwana listem gończym. Znaleziono ją w Wielkiej Brytanii pod koniec 2009.
Osoby, które odeszły ze zgromadzenia Ryszarda Matuszewskiego, zdaniem niektórych były systematycznie zastraszane przez dawnego nauczyciela.