Te same stanowiska ministerialne politycy LPR piastowali również w rządzie Jarosława Kaczyńskiego. Członkowie rządu z ramienia LPR zostali zdymisjonowani 13 sierpnia 2007.
W 2005 i 2006 w LPR doszło do rozłamów. W 2005 trzech parlamentarzystów polskich i trzech posłów do Europarlamentu powołało partię Forum Polskie (działającą do 2007; wówczas jej posłowie na Sejm powołali Narodowy Kongres Polski, istniejący do 2010). W 2006 natomiast, przed powołaniem koalicji rządowej z LPR odeszła grupa polityków, którzy w bardziej zdecydowany sposób opowiadali się za współpracą z PiS. Założyli oni początkowo organizację Ruch Samorządowy (który wraz z przedstawicielami Forum Polskiego współtworzył Narodowe Koło Parlamentarne, które z kolei później współtworzyło Klub Parlamentarny Ruch Ludowo-Narodowy; RS przekształcił się potem w Polską Unię Samorządową), a następnie, wraz z rozłamowcami z Samoobrony RP, partię RLN (w wyniku odejścia byłych działaczy Samoobrony RP, w 2013 przemianowaną na Ligę Narodową).
W wyborach samorządowych w listopadzie 2006 LPR uzyskała w wyborach do sejmików województw wynik 568 935 głosów, tj.