thumb|180px|Portret Pinkertona z gazety „Harper’s Weekly” (1884) Zanim wstąpił do armii Unii w czasie wojny secesyjnej, doprowadził do wypracowania kilku technik detektywistycznych, które pozostają w użyciu do dziś. Były to m.in. inwigilacja podejrzanego, infiltracja środowisk przestępczych poprzez „pracę pod przykryciem”. Po wybuchu wojny domowej Pinkerton był, w latach 1861–1862, szefem służb wywiadowczych Union Intelligence Service. Udało się mu wykryć spisek zmierzający do zamordowania prezydenta Lincolna w drodze na uroczystości inaugurujące jego prezydenturę w Baltimore w stanie Maryland. Agenci Pinkertona często przebierali się lub udawali konfederatów i ich sympatyków, po to aby uzyskać informacje wywiadowcze. Nawet sam Pinkerton uczestniczył w kilku „wypadach” na terytorium rebelianckie pod pseudonimem majora E.J. Allena. Później na stanowisku szefa wywiadu zastąpił go Lafayette Baker.
thumb|left|240px|Pinkerton (z lewej) z Abrahamem Lincolnem