W 2000 roku został przydzielony, przez dyrektora Kersha do Archiwum X. Miał za zadania odnaleźć Muldera. Po jego odnalezieniu i zwolnieniu z FBI, Doggett zostaje na stałe przydzielony do Archiwum X. Po odejściu Dany na urlop macierzyński, dołącza do niego Monica Reyes. Doggett jest bardzo sceptycznie nastawiony na zjawiska paranormalne, jednak po odnalezieniu kilku dowodów i potyczkach z super-żołnierzami jest gotów uwierzyć. W 17. odcinku dziewiątego sezonu udało mu się w końcu rozwiązać, nękającą go przez lata, sprawę śmierci jego syna, a winny tej zbrodni został ukarany. John zeznawał także na procesie Muldera i później pomógł jemu i Scully uciec.
Bardzo lubi agentkę Scully i pozostaje z nią w przyjaznych relacjach. Jest związany emocjonalnie ze swoją partnerką, Monicą Reyes.
Bibliografia
Kategoria:Fikcyjni żołnierze Kategoria:Postacie z serialu Z Archiwum X