Substancje organiczne (gnojowica, kompost, osady ściekowe) Wady i zalety metody Do zalet tej metody należy zaliczyć: wysoki stopień akceptacji społecznej, stosunkowo niskie koszty, pozytywny wpływ na środowisko ze względu na odbudowę pokrywy roślinnej. Natomiast głównym problem jest fakt iż ta metoda nie rozwiązuje problemu zanieczyszczenia definitywnie, zanieczyszczenia są tylko unieruchomione. Ograniczenia widoczne są także podczas samej hodowli, ponieważ rośliny te zazwyczaj wymagają intensywnego nawożenia oraz długotrwałego monitoringu.
Fitodegradacja Określana jest również mianem fitotransformacji i jest procesem rozkładu nagromadzonych w glebie zanieczyszczeń dzięki metabolicznej aktywności roślin. Jest to zjawisko mające miejsce wewnątrz rośliny, po pobraniu zanieczyszczeń przez korzenie, a także na zewnątrz z udziałem enzymów wydzielanych do rizosfery, które stymulują rozwój mikroorganizmów odpowiedzialnych za detoksykację. Powstające w tym procesie produkty rozpadu zanieczyszczeń są wykorzystywane do budowy nowych tkanek roślinnych. Związki te mogą być także odparowywane przez aparaty szparkowe, a także rozkładane do prostych związków nieorganicznych. Metoda ta znalazła zastosowanie w oczyszczaniu terenów skażonych substancjami ropopochodnymi, chlorowcopochodnymi, wybuchowymi oraz herbicydami.