W czerwcu 1946 ustalono skład kierownictwa CKŻP. Według klucza partyjnego, na zasadach kompromisu między zalegalizowanymi stronnictwami żydowskimi, sześć miejsc mieli żydowscy komuniści (tzw. frakcja żydowska Polskiej Partii Robotniczej), cztery Bund, cztery Ichud, trzy Poalej Syjon-Lewica, trzy Poalej Syjon-Prawica i jedno miejsce – Ha-Szomer Ha-Cair. Funkcję przewodniczącego objął Emil Sommerstein z Ichudu, zastąpiony w 1946 przez Adolfa Bermana z Poalej Syjon-Lewicy.
W październiku 1946 roku przy CKŻP utworzono Centralny Sąd Społeczny (nazywany także Sądem Obywatelskim). Utworzona przy CKŻP Komisja Historyczna, przekształcona została w Centralną Żydowską Komisję Historyczną. Jej głównymi zadaniami było zbieranie relacji ocalonych z Zagłady, również w celu pomocy w ściganiu zbrodniarzy nazistowskich. W maju 1947 Komisję przekształcono w Żydowski Instytut Historyczny.
Od roku 1946 większość (80%) środków finansowych CKŻP pochodziła z dotacji American Jewish Joint Distribution Committee. Komitet koordynował repatriację, osadnictwo i pomoc dla repatriantów.