Największe zatoki Morza Bellingshausena to Ronne Entrance i Zatoka Małgorzaty. W Zatoce Małgorzaty leży kilka wysp, m.in. Horseshoe Island (), Lagotellerie Island () i Pourquoi Pas Island (). Znajdują się tu też trzy stacje badawcze – argentyńska San Martín oraz brytyjskie Rothera i Fossil Bluff.
Zasolenie wód wynosi 33,5‰. Wody powierzchniowe osiągają temperaturę 0 °C na północy i do –1 °C na południu. Morze charakteryzuje się długotrwałą obecnością lodu – przez cały rok akwen pokrywa pływający lód morski i góry lodowe. Pokrywa lodowa akwenu ulega topieniu, co mogło przyczynić się do ocieplenia klimatu na Półwyspie Anatarktycznym.
Wody Morza Bellingshausena charakteryzują się ubóstwem flory i fauny morskiej. Ilość zooplanktonu należy do najmniejszych w regionie. Przy granicy lodu i w rejonie przybrzeżnym występują płetwale antarktyczne i humbaki.
W 1981 roku na Morzu Bellingshausena odkryto miejsce po uderzeniu planetoidy Eltanin, do którego doszło w plejstocenie. Według szacunków planetoida miała ok. 0,8–4 km średnicy, a jej upadek mógł wywołać falę tsunami o wysokości 200 m, która uderzyła w Półwysep Antarktyczny i południowe wybrzeże obecnego Chile.