W okresie pierwszej wojny światowej zaczęto utrudniać mu pracę, gdyż deklarował się Polakiem. W 1920 roku złożył rezygnację ze stanowiska proboszcza i opuścił Zgierz. Tego samego roku wyjechał do Bazylei na roczne stypendium i uzyskał tytuł licencjata. W kwietniu 1922 roku na prośbę bp. Burschego objął kierownictwo Katedry Teologii Systematycznej na Wydziale Teologii Ewangelickiej Uniwersytetu Warszawskiego.
Wolnomularz Przed rokiem 1929 Karol Serini, jako jedyny znany duchowny, został inicjowany do warszawskiej loży wolnomularskiej "Wolność Przywrócona". Był autorem prac, będących próbą analizy wolnomularstwa od strony zarówno historycznej, jak i teoretycznej. Praca pt. "Masoneria", omawiająca pochodzenie i rozwój wolnomularstwa, została pierwotnie opublikowana w 1929 roku, w numerach 4,5 i 6 pisma "Jednota", wydawanego przez Kościół Ewangelicko-Reformowany w RP. W 1934 roku tekst został włączony do pośmiertnie wydanego dzieła "Życie, nauka, religia", będącego zbiorem artykułów SeriniegoNorbert Wójtowicz Serini Karol, [w:] N. Wójtowicz, Masoneria. Mały słownik, Warszawa 2006, s. 342..