Po niedługim czasie Andrusikiewicz stał się popularny wśród górali, prowadził agitację niepodległościową na Podhalu, a 21 lutego 1846 roku stanął u boku ks. Józefa Leopolda Kmietowicza i ks. Michała Głowackiego oraz Juliana Goslara na czele powstania górali chochołowskich przeciwko zaborcy austriackiemu i feudałom. W pierwszych dniach walk uczestniczył w rabowaniu straży skarbowych. Raniony bagnetem, został zmuszony do przekazania kierownictwa nad powstaniem ks. Kmietowiczowi. Po upadku powstania ukrywał się na dworze Maksymiliana Marszałkowicza w Kamienicy. Aresztowany przez władze austriackie, został skazany na 20 lat więzienia. Był więziony w latach 1846–1848 w twierdzy Szpilberg w Brnie. Zwolniony dzięki amnestii, zastał swoją rodzinę w Chochołowie w skrajnej nędzy. Pomimo starań nie znalazł dla siebie posady nauczyciela ani organisty.
Przebywał w dworze Leona Przerwy-Tetmajera w Łopusznej.
W tej sytuacji, dzięki pomocy swego przyjaciela z pobytu na Szpilbergu, Antoniego Skąpskiego, rozpoczął pracę w administracji papierni Maksymiliana Marszałkowicza w Kamienicy koło Łącka. Tam zmarł na tyfus 9 stycznia 1850 r., mając zaledwie 34 lat.