Obecnie jest w budowie siedziba Instytutu w pobliżu Sanktuarium Bożego Miłosierdzia na terenie tzw. Białych Mórz (poeksploatacyjne tereny dawnych zakładów Solvay, w Jugowicach). 11 maja 2007 Stanisław Dziwisz, metropolita krakowski poświęcił krzyż na terenie budowy. Budowa została oficjalnie zainaugurowana 11 października 2008. Autorem projektu zabudowań jest architekt Andrzej Mikulski. Projekt obejmuje: Sanktuarium św. Jana Pawła II, dom (w którego skład wchodzić mają muzeum, instytut z biblioteką, kaplica i oratorium oraz centrum konferencyjne), centrum rekolekcyjne, centrum szkolenia wolontariatu, wieża z tarasem widokowym, obiekty hotelowe, amfiteatr na otwartej przestrzeni, plenerowa droga krzyżowa, kładka piesza, parkingi i inne obiekty.
12 czerwca 2011 do dolnej kaplicy Sanktuarium Jana Pawła II została wprowadzona relikwia Jana Pawła II: ampułka z krwią, umieszczona w mensie ołtarzowej.
Koszt budowy to prawie 200 mln zł.
Wystawa „Kim jest Człowiek z Całunu?" mały|Kopia Całunu Turyńskiego na wystawie Od 2012 roku w Centrum istnieje wystawa poświęcona Całunowi Turyńskiemu.