król Eryk I pożegnał się w Viborgu z mieszkańcami przed swoją pielgrzymką do Ziemi Świętej, z której już nigdy nie wrócił. W katedrze w Viborgu w Boże Narodzenie 1259 r. koronowano na króla Danii Eryka V i była to jedyna koronacja w tym mieście. W 1501 r. pożar strawił sporą część miasta, łącznie z katedrą. W 1567 r. spłonęła wschodnia część miasta.
Hans Tausen w 1528 roku rozpoczął tutaj głoszenie swoich kazań w duchu luteranizmu, co zapoczątkowało reformację w Danii. Jego kazania były drukowane przez założoną tego samego roku pierwszą drukarnię w Viborgu. Po reformacji z 5 klasztorów i 12 kościołów, które posiadało miasto, ocalały jedynie kościół dominikański (z 1227 r.) i klasztor franciszkański (z 1235 r.), oraz katedra. W tym okresie Viborg stał się największym miastem na Jutlandii, ale podupadł w XVII i XVIII w. Jedną z przyczyn były pożary: w 1615, spowodowany przez rusznikarza, który wypróbowując strzelbę strzelił w strzechę, która się zapaliła;