Nie mogąc poradzić sobie z przeszłością, w 1868 roku uciekł z Warszawy i pieszo dotarł do Berlina. W liście pożegnalnym do matkiBerta Ischerow była Niemką z Berlina. napisał: „Najdroższa Matko! Jak ten list czytać będziesz, będę już za granicą. Jadę, jeżeli mam nie zginąć – tutaj byś prędzej moją śmierć widziała niż dobre rozwiązanie (...) całe moje życie, licząc od roku 1863, było tylko boleścią”Smolińska, Sroka, s. 119..
Po przybyciu do Niemiec początkowo imał się prac dorywczych, aż skontaktował się z Johanem Cesarem Godeffroyem. W efekcie podpisał umowę z Domem Handlowym Godeffroyów w Hamburgu i 1 maja 1869 roku wsiadł na statek Wandrahm, by wyruszyć do Oceanii. Jego celem było zbieranie eksponatów dla . W październiku Wandrahm dotarł do portu Apia na wyspie Upolu w archipelagu Samoa. Po krótkim pobycie w faktorii swego chlebodawcy przeniósł się na sąsiednią wyspę Savaiʻi i tam zaczął przygotowywać się do zbierania eksponatów. Początki były bardzo trudne, bowiem Kubary nie posiadał odpowiedniego wykształcenia, ani doświadczenia.