Najbardziej znanym graczem w historii klubu jest Jorge Burruchaga, który tutaj właśnie w roku 1979 rozpoczął swą wielką karierę piłkarską. Po zakończeniu gry w piłkę wrócił do korzeni i był trenerem Arsenalu w latach 2002–2005. Burru najbardziej znany jest ze zdobycia zwycięskiej bramki w meczu finałowym mistrzostw świata 1986.
Arse krok za krokiem piął się w górę, awansując do coraz wyższych lig Argentyny w 1962, 1986, 1992 i w roku 2002 dotarł w końcu na sam szczyt – do Primera división argentina 2002. Klub dotarł do ćwierćfinału Copa Sudamericana w roku 2004.
Dnia 6 września 2006 Arsenal i hiszpański gigant FC Barcelona zawarły umowę o odnowie infrastruktury klubu Arsenal w zamian za możliwość pozyskiwania młodych graczy klubu, którzy w pierwszym zespole nie rozegrali jeszcze pełnego roku. „Chcemy, by Barcelona był główną opcją dla młodych argentyńskich graczy”, stwierdził szef sportowy Barcy Txiki Begiristain. „To długofalowy program, który przyniesie korzyści obu klubom”.
Arsenal wygrywając turniej Copa Sudamericana 2007 osiągnął największy sukces w swojej historii.