Na jego osobiste polecenie sowieccy partyzanci na terenach kresów północno-wschodnich, a PPR na obszarze Generalnego Gubernatorstwa, zwalczali polskie podziemie niepodległościowe, denuncjując jego członków do niemieckich władz okupacyjnych. Działania te sterowane były z Moskwy poprzez Komintern i NKWD”: Bogdan Musiał „Memorandum Pantelejmona Ponomarienki z 20 stycznia 1943 r.: „O zachowaniu się Polaków i niektórych naszych zadaniach” Pamięć i Sprawiedliwość, Pismo Instytutu Pamięci Narodowej, Warszawa, 1.09.2006, , s. 379–380., dążąc do maksymalnego osłabienia polskiego podziemia niepodległościowego w kraju oraz wyniszczenia społeczeństwa polskiego rękami Niemców (m.in. poprzez wzniecenie wojny partyzanckiej i wywołany tym odwet hitlerowców).

W 1946 roku centralne władze sowieckie zarządziły kontrolę działalności gospodarczej i finansowej KC KP(b)B. Kontrola wykazała szereg nadużyć i niegospodarności w zarządzaniu partyjną kasą. Komisja Kontroli Partyjnej WKP(b) odkryła (dzięki donosowi) m.in., że Ponomarienko buduje dla siebie willę z pieniędzy partyjnych. Zarzuciła mu także szereg innych nadużyć, m.in. tworzenie kultu własnej osoby:

Wobec zarzutów Ponomarienko wyraził samokrytykę. Wkrótce jednak on i jego ekipa zostali odwołani.