W roku 1995 Gimnasia zajęła drugie miejsce w turnieju Clausura, a w następnym roku powtórzyła ten wyczyn. W tym okresie drużynę prowadził weteran wśród trenerów – Carlos Timoteo Griguol.

Z powodu „systemu uśredniającego” (o spadku z ligi decyduje średnia liczba punktów na mecz z ostatnich trzech sezonów) stosowanego w Argentynie Gimnasia podczas turnieju Clausura 2005 bliska była spadku z pierwszej ligi, jednak dzięki znakomitej postawie w końcówce turnieju i drugiemu miejscu w turnieju Apertura 2005, udało się klubowi uniknąć tego nieszczęścia.

W następstwie wydarzeń które o mało nie doprowadziły do spadku na stanowisku trenera zespołu zatwierdzony został Pedro Troglio. W pierwszych meczach turnieju Clausura 2006 poziom gry prezentowany przez drużynę był nierówny, co w znacznej mierze można tłumaczyć odejściem dotychczasowego reżysera gry zespołu Lucasa Lobosa do Cádiz CF Kadyks.

Stadion Stadion „Juan Carlos Zerrillo”, znany jako el Bosque (las, gdyż jest położony w parku La Plata o tej samej nazwie, w spacerowej odległości od boiska Estudiantes).