Wnętrze kościoła, jego ściany, krużganki klasztorne, kaplice i kruchta pokryte są tablicami pamiątkowymi ku czci wybitnych wodzów, epitafiami wojskowych (m.in. epitafium ku czci Romualda Traugutta, ufundowane przez córki). Ta szczególna kolekcja powstała dlatego, że kapucyni od czasów insurekcji kościuszkowskiej po wybuch I wojny światowej pełnili funkcje kapelanów i towarzyszyli kolejnym powstańcom podczas zrywów narodowych.
Kaplica Jezusa Ukrzyżowanego Znajduje się po północnej stronie kościoła. Jest to dawna zakrystia domku loretańskiego. W ołtarzu znajduje się krucyfiks z nieistniejącego kościoła karmelitów bosych z ul. Poselskiej.
Tułaczka W prawym bocznym ołtarzu znajduje się figura Matki Bożej zwana Tułaczką. Pochodzi ona z fasady kamienicy Suskiego przy ulicy Grodzkiej 24 i uległa nadpaleniu w czasie pożaru miasta w 1850 roku, w 1899 została podarowana kapucynom. Przez 5 lat szukano dla niej odpowiedniego miejsca: była w bocznej kaplicy, w krużgankach i na klasztornych korytarzach. Z powodu tych ciągłych wędrówek nazwano ją Tułaczką. Ostatecznie w 1904 roku w 50. rocznicę ogłoszenia dogmatu o Niepokalanym Poczęciu NMP ustawiono ją w bocznym ołtarzu.