Jan Jędrzejewicz zmarł 19 grudnia 1887 roku na tyfus. Został pochowany w Płońsku. Po śmierci jego obserwatorium zostało przeniesione do Warszawy, umiejscowiono je dość nieszczęśliwie na dziedzińcu szkoły Wawelberga i Rotwanda, przy ulicy Mokotowskiej znajdującej się w Śródmieściu. Dlatego też obserwacje były prowadzone tylko w okresie 1898–1919. Obserwatorium zostało zniszczone podczas II wojny światowej. Jedna z lunet (refraktor) znajdowała się w obserwatorium poznańskim; obecnie znajduje się tam jedynie jej obiektyw.
Najważniejszym dziełem Jędrzejewicza jest pierwszy w języku polskim podręcznik astronomii pt. Kosmografia. Został on po raz pierwszy wydany w 1886 roku w Warszawie. Wyróżniał się nowoczesnym, jak na ówczesne czasy, podejściem do tematu.
Upamiętnienie W 1957 roku odsłonięto tablicę na domu, w którym mieszkał w Płońsku. W styczniu 2013 roku miasto Płońsk ustanowiło coroczną Nagrodę im. Jana Jędrzejewicza dla najlepszej polskiej książki poświęconej historii nauki i historii techniki.