Atlético Mineiro znany jest także z tego, że dwukrotnie w mistrzostwach Brazylii 1977 i 1980 spotkała go wielka niesprawiedliwość. W roku 1977 wygrał zdecydowanie ligę, jednak według ówczesnych skomplikowanych reguł musieli stoczyć finałowy mecz z São Paulo FC, które zgromadziło w dotychczasowych meczach o 10 punktów mniej. Ponieważ pomimo dogrywki nie padła żadna bramka, doszło do karnych, przegranych przez Atlético Mineiro 2:3. W ten sposób jedyny niepokonany zespół ligi brazylijskiej nie został mistrzem kraju. W 1980 klub przegrał z Flamengo decydujący mecz o tytuł, lecz kibice protestowali, oskarżając sędziego o stronniczość, szczególnie widoczną gdy najlepszy gracz Atlético – Reinaldo był bezpardonowo faulowany, a sędzia tego nie widział.
W roku 2003 klub zderzył się z poważnymi problemami finansowymi z powodu skandalu korupcyjnego z późnych lat 90 XX w., w który zamieszany był będący w tym czasie prezydentem klubu Paulo Cury. Symbolem tych problemów był park wodny, który klub zaczął budować, a którego nigdy nie ukończył. W sezonie 2005 skończył na 20.