Od 1912 roku był stronnikiem Agudat Israel, od 1922 roku był przewodniczącym tej partii na wschodnią Małopolskę, a później jej prezesem. Pozostając przypisany do Sanoka, kandydował w wyborach do Sejmu RP (początkowo anonsowany jako kandydat w okręgu nr 19 Radom, Końskie, Opoczno i w okręgu nr 12 Błonie / Grodzisk, Skierniewice, Rawa, Grójec, ostatecznie zgłoszony w okręgu Warszawa miasto) i uzyskał mandat posła na Sejm I kadencji (1922–1927). W 1923 roku został członkiem Centralnego Komitetu Wykonawczego wszechświatowej Agudy. We wrześniu 1924 roku informowano w prasie, że Szapira ustnie zakazał swoim współwyznawcom korzystania z porad lekarzy i adwokatów chrześcijańskich.
W 1926 roku został członkiem prezydium Związku Rabinów w Polsce. W Piotrkowie wydawał tygodnik „Unser Leben”. Pod koniec życia był rabinem w Łodzi i Piotrkowie Trybunalskim (1924–1933). Zmarł tuż przed planowanym wyjazdem do Izraela w 1933 roku. Pierwotnie został pochowany w Lublinie. W 1958 roku prochy Majera Szapiry spoczęły na cmentarzu w Jerozolimie.