W skład Komendy Głównej Polski Niepodległej wchodziło 6 Wydziałów: Organizacyjny (szef Karol Mroczkowski „Korczak”), Wojskowy (szef pułkownik Stanisław Giebułtowicz „Żubr”), Informacji (szef Ryszard Toporowski „Topór”), Propagandy i Prasy (szef NN „Satyr”), Skarbowy (szef inżynier Anatol Kwiatkowski „Toliński”), Cywilny (szef Stanisław Lemański „Bukowczyk”). Od 1942 istniało 8 Okręgów w terenie: I Warszawa, II Województwo Warszawskie, III Lublin, IV Łódź, V Kielce, VI Kraków, VII Białystok, VIII Poznań. Najniższą jednostką była 5-osobowa sekcja, dalej występowały drużyna, pluton, placówka i zgrupowanie.

Tekst przysięgi członków Polski Niepodległej:

Organizacja w szczytowym okresie liczyła około 20 tysięcy członków. W pierwszej połowie 1940 wchodziła w skład Komitetu Porozumiewawczego Organizacji Niepodległościowych. Z 7 na 8 stycznia 1941 został aresztowany przez Niemców Józef Suliński i osadzony na Pawiaku. Jednakże nadal kierował on organizacją zza krat. 18 października udało mu się zbiec ze szpitala zakaźnego. W 1942 PN pod względem wojskowym została podporządkowana Komendzie Głównej Armii Krajowej. W latach 1943–1944 współpracowała ze Związkiem Odbudowy Rzeczypospolitej.