W 1974 za sprawą archimandryty Sawy seminarium zostało przeniesione do prawosławnego monasteru św. Onufrego w Jabłecznej. Decyzja ta została jednak w praktyce anulowana w 1977 z uwagi na problemy lokalowe w klasztorze. W Warszawie kształciły się nadal roczniki z niższych klas.
W 1992 dokonano reorganizacji seminarium. Skrócono cykl nauczania z sześciu do trzech lat. W tym też roku zlikwidowano formalnie Wyższe Seminarium Duchowne w Warszawie z siedzibą w Jabłecznej i od tego czasu Seminarium Duchowne w Warszawie zaczęło funkcjonować jako szkoła policealna.
W 1998 Prawosławne Seminarium Duchowne w Warszawie uzyskało uprawnienia wyższej szkoły zawodowej i otrzymało prawo nadawania tytułu licencjata z teologii prawosławnej.
Charakterystyka Uczelnia ma charakter wyznaniowy. W trybie stacjonarnym studiować mogą na niej tylko mężczyźni wyznania prawosławnego, a na studiach zaocznych również kobiety. Studia na uczelni są bezpłatne. Po ukończeniu nauki absolwenci uzyskują dyplom licencjata z teologii prawosławnej i mogą kontynuować studia na Chrześcijańskiej Akademii Teologicznej.
W seminarium oprócz przedmiotów teologicznych naucza się języków: cerkiewno-słowiańskiego, rosyjskiego, angielskiego, greckiego oraz łaciny.