Pałygi jest również szereg książek skierowanych do młodzieży, w których na zasadzie pytań i odpowiedzi autor dotyka najbardziej palących problemów życia religijnego i społecznego w Polsce końca XX w.
Oddzielną kartą w życiorysie ks. J. Pałygi stała się troska o ludzi z szeroko rozumianego „marginesu”. W czasach, gdy był jeszcze duszpasterzem w Gdańsku nawiązał kontakty ze środowiskiem twórców kultury oraz z „niewierzącymi”, dla których następnie organizował spotkania dyskusyjne. W latach 80. objął w Warszawie opieką małżeństwa niesakramentalne, co zainicjowało powstanie „Centrum Pomocy Duchowej” przy ul. Skaryszewskiej 12, w którym szukają pomocy małżeństwa i rodziny w kryzysie („Stowarzyszenie Trudnych Małżeństw – SYCHAR”), osoby uzależnione, osoby opuszczone lub odtrącone przez bliskich, skazane na życie w samotności (tzw. „piąty świat”). Działalność Centrum Pomocy Duchowej wykracza dziś daleko poza granice Warszawy. Warsztaty i spotkania organizowane są na terenie całej Polski oraz poza granicami.
W 2009 za wybitne zasługi w działalności na rzecz osób potrzebujących pomocy został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski.