Wybory parlamentarne, które odbyły się 27 czerwca 2004 roku, były rekordowe, jeśli chodzi o frekwencję – uznano je za wielką porażkę MPLR. Partia utrzymała niewielką przewagę na pozostałymi partiami, ale nie dysponując w parlamencie większością, nie mogła samodzielnie sprawować rządów. Od sierpnia 2004 r. do 25 stycznia 2006 tworzyła koalicję, nie dysponując już urzędem premiera. 26 stycznia 2006 premierem został Mijeegombyn Enchbold, polityk MPLR, który kierował rządem do 22 listopada 2007. Po decyzji kongresu partii dotyczącej zmiany przewodniczącego, podał się do dymisji, a zastąpił go Sandżaagijn Bajar.
Wstępne wyniki kolejnych wyborów parlamentarnych, które miały miejsce 29 czerwca 2008, wskazały na zwycięstwo MPLR. Spowodowało to protesty zwolenników Partii Demokratycznej, którzy (w liczbie ok. 6000) zorganizowali wiec w centrum Ułan Bator. Wiec przerodził się w zamieszki, w których pięć osób zginęło, a ponad 300 zostało rannych. Prezydent Mongolii Nambaryn Enchbajar zadecydował o wprowadzeniu stanu wyjątkowego.
W 2010 roku zmieniła nazwę na Mongolska Partia Ludowa.