W styczniu 2005, po raz drugi i ostatni w karierze, wystartował w zimowej uniwersjadzie. W imprezie tej plasował się indywidualnie w drugiej dziesiątce (18. na skoczni normalnej i 11. na obiekcie dużym), a z kazachską drużyną zajął 5. miejsce w rywalizacji drużynowej. W lutym 2005 w Sapporo zdobył kolejne punkty Pucharu Świata – 5 lutego był 30., a dzień później 20. W tym samym miesiącu wziął udział w swoich trzecich mistrzostwach świata – w Oberstdorfie w rywalizacji indywidualnej został zdyskwalifikowany w kwalifikacjach do konkursu na skoczni normalnej, a na obiekcie dużym po raz pierwszy wystąpił w głównej fazie zmagań, plasując się na 40. pozycji. Z kolei w obu konkursach drużynowych Kazachowie z Żaparowem w składzie plasowali się ponownie na 11. miejscach.

31 sierpnia 2005 w Predazzo zdobył pierwsze w karierze punkty Letniego Grand Prix, plasując się na 25. miejscu. W sezonie zimowym dwukrotnie udało mu się awansować do czołowej „trzydziestki” Pucharu Świata – 26 listopada 2005 w drugim konkursie w Ruce był 30., a 21 stycznia 2006 w Sapporo zajął 26. pozycję. W grudniu w ramach zawodów PŚ w Engelbergu upadł w trakcie sobotnich kwalifikacji – po upadku, w którym doznał licznych stłuczeń, był hospitalizowany, a do rywalizacji na arenie międzynarodowej powrócił nieco ponad miesiąc później.