Alianza nie zdołala utrzymać pierwszego miejsca i tytuł uzyskał jej największy rywal – Universitario de Deportes.
Drużyna musiała się jakoś pozbierać przed następnym sezonem. Wracali dawni gracze, którzy już zakończyli karierę, jak Teófilo Cubillas, albo zamierzający już zakończyć karierę, jak César Cueto. Wszyscy związani z klubem spieszyli z pomocą, by móc przetrwać najcięższy okres.
W roku 1988 Alianza była bliska spadku, jednak udało jej się utrzymać w lidze dzięki dobrej grze w końcówce sezonu. W ciągu następnych kilku lat nie była w stanie walczyć o najwyższe trofeum. Jednak okres bez mistrzowskiego tytułu był znacznie dłuższy, niż się spodziewano i zakończył się po 18 smutnych sezonach zdobyciem mistrzostwa Peru w roku 1997.
Tytuły i 100-lecie klubu W roku 1997 Alianza Lima sięgnęła po pierwszy tytuł mistrza Peru od roku 1978. Trenerem zespołu był kolumbijski szkoleniowiec José Luis Pinto. W 1999 było drugie miejsce, po przegraniu meczów finałowych z Universitario Lima.