Na początku roku 2001, Haynes wraca do Allmanów i od tej pory dzieli czas na granie w Gov’t Mule, The Allman Brothers Band i także wspiera solowe projekty m.in. Phila Lesha. W roku 2001 i 2002 ukazują się dwa albumy zespołu The Deep End, Volume 1 oraz The Deep End, Volume 2, na których u boku Haynesa i Abtsa, wystąpili ulubieni gitarzyści basowi Woody’ego, (m.in. Jack Bruce, Mike Gordon, Les Claypool, Flea).
Trasa koncertowa The Deepest End jaka miała miejsce rok później zgromadziła na scenie (oprócz muzyków biorących udział w sesjach nagraniowych albumów The Deep End), także wielu innych gitarzystów basowych oraz znamienitych klawiszowców m.in. Chuck Leavell, Page McConnell, Danny Louis. Całość zarejestrowano i wydano w maju 2003 roku na podwójnym albumie The Deepest End oraz płycie DVD. Po tym wydarzeniu na stałe do zespołu zostali zaangażowani Danny Louis (instrumenty klawiszowe) i Andy Hess (gitara basowa). Już w czteroosobowym składzie Gov’t Mule nagrywają Deja Voodoo (2004) oraz High & Mighty (2006).
W 2008 roku następuje zmiana na pozycji basisty zespołu, odchodzi Andy Hess, a przyjęty zostaje szwedzki basista Jorgen Carlsson. Nowo przyjęty basista od razu został rzucony na głęboką wodę i w 2009 roku zespół wydaje nową płytę pt.