W tym czasie zespół wydał 1 kasetę VHS i zmienił się ze zwykłego side-projectu w główne zajęcie wszystkich członków.
M3 W 1999 roku wydany został krążek M3 (rozszyfrować można na Mushroomhead nr 3 – czyli 3 album). Album utrzymany jest w zupełnie innej atmosferze niż dotychczasowe 2 krążki. Zauważalne jest zaangażowanie i uczucie, które Shmotz włożył w każdy utwór. Nie brakuje również sampli z oldschoolowych filmów i ostrego gitarowego brzmienia. Utwór Solitaire Unraveling jest podsumowaniem całego albumu. Znajduje się tam wszystko od łagodnego brzmienia Marimb (Klawisze), ostrych riffów i potężnego slapowania po doskonale urozmaicony i wymieszany wokal pana Nothinga i Popsona. Warto wspomnieć o pozycji numer 10 o nazwie Beauteous, która została stworzona przez Shmotza i jest w pewnym sensie polem do popisu. Cały utwór wyróżnia się przez swoją klasyczność – wszystko to skromne, wesołe pianino pomieszane ze stringsami, które nadają jej trochę specyficzny charakter. Zmiany po albumie wyszły wszystkim na dobre. Wyrzucono gitarzystę Dinnera z powodu bycia niemiłym typem i problemów z pieniędzmi (Spodziewał się większych zarobków). Zastąpił go brat Skinnyego – Dave „Gravy” Felton.