1 kwietnia 1897 roku odbyło się uroczyste wmurowanie kamienia węgielnego w obecności kedywa Abbasa II Hilmiego, Jacques'a de Morgana i Marcela Dourgnona. Pięć lat później, Gaston Maspero wraz z włoskim architektem rozpoczął przenosiny zbiorów z pałacu w Gizie oraz z magazynów, wykorzystując do transportu pięć tysięcy drewnianych skrzyń. Kairskie Muzeum Egipskich Starożytności otwarto oficjalnie 15 listopada 1902 roku.
W tym samym roku przeniesiono mauzoleum Mariette’a do ogrodu muzealnego, spełniając jego wolę pochowania obok gromadzonych przez siebie zabytków.
Wielkie Muzeum Egipskie
Zbiory Muzeum Kairskie było największym muzeum sztuki egipskiej na świecie. Według Najwyższej Rady Starożytności Egiptu (ang. Supreme Court of Antiquities) zbiory muzeum obejmują ok. 160 tys. eksponatów. Muzeum ma ok. 1700 obiektów z grobowca Tutanchamona ze złotą maską faraona. Inne artefakty zgromadzone w muzeum to: m.in. reliefy, sarkofagi, papirusy, obiekty sztuki funeralnej, przedmioty znalezione w grobowcach, rzeźby (m.in. wykonana z czarnego granitu rzeźba królowej Nefertiti), posągi (m.in. granitowy posąg królowej Hatszepsut oraz kolosalny posąg Amenhotepa IV) i biżuteria. W muzeum znajduje się ponadto kolekcja portretów fajumskich z okresu hellenistycznego i rzymskiego.