Położone nad brzegiem Nilu muzeum było zagrożone wylewami rzeki. W 1878 roku nastąpiła powódź, która zniszczyła znaczną część muzeum. W styczniu 1881 roku do Egiptu przybył kolejny francuski egiptolog Gaston Maspero (1846–1916), który po śmierci Mariette’a objął stanowiska dyrektora Egipskiej Służby Starożytności oraz dyrektora Muzeum Egipskiego w Bulak. Maspero kontynuował renowacje budynku w Bulak i opracował wystawę muzeum na kolejne pięć lat. W 1883 roku wydał przewodnik po zbiorach muzeum w Bulak. Maspero współpracował ze swoim uczniem Victorem Loretem (1859–1946), który wykonywał pracę kuratora muzeum oraz z pierwszym archeologiem egipskim (1851–1923), który początkowo pracował jako tłumacz Maspero, a później założył przy muzeum Szkołę Archeologii. Maspero wraz z Kamalem lobbowali lokalne władze na terenie całego Egiptu, by zakładały lokalne muzea starożytności.
Z uwagi na zagrożenie wylewami rzeki oraz niedostatek powierzchni magazynowej i wystawienniczej podjęto decyzję o nowej lokalizacji muzeum.