Środowiska te różnią się przede wszystkim temperaturą, co wiąże się z różnym okresem wegetacji roślin. Najwyższy punkt, w którym zaobserwowano populację makaków japońskich, leżał na wysokości 3180 m.

Rozmnażanie Okres rozrodczy u makaków trwa od października do marca. W pierwszym okresie życia dziecka samica zabiera je wszędzie ze sobą. Młode zaczynają raczkować po około 20 dniach. Po okresie miesiąca zaczynają wspinać się na plecy matki, która w ten sposób nosi je ze sobą.

Zachowanie Makaki japońskie wykształciły behawioralny mechanizm zabezpieczający je przed obniżeniem temperatury ciała w czasie chłodnych zim – w ciągu dnia spędzają dużo czasu na wygrzewaniu się na południowych stokach, a w nocy śpią na gałęziach drzew liściastych, na których śnieg zbiera się w niewielkim stopniu. Co więcej, często zbierają się w grupy w celu utrzymania ciepła, a samice częściej do tego celu wybierają swoje potomstwo niż inne dorosłe samice.