W roku 1995 Corporación Deportiva América został umieszczony na amerykańskiej liście instytucji powiązanych z kartelami narkotykowymi i USA zamroziły znajdujące się tam środki finansowe klubu szacowane na około 1 milion dolarów i nakazały swym firmom, by nie wchodziły w kontakty biznesowe ze znajdującymi się na tej liście podmiotami. Odtąd zaczął się ciężki kryzys ekonomiczny klubu. Zadłużony na 2 miliony dolarów klub nie mogąc posiadać oficjalnego sponsora, ograniczać się musiał do wpływów z biletów na mecz oraz ze sprzedaży koszulek piłkarskich. Miesięczne pensje graczy klubu nie przekraczały 3000 dolarów, co zmusiło zarząd do pozyskania pieniędzy ze sprzedaży swych najbardziej znanych graczy.
Jednak, pomimo kłopotliwej sytuacji ekonomicznej, América nadal potrafiła utrzymać dość wysoki poziom sportowy, a także wciąż miała za sobą wielką tradycję i wielką rzeszę kibiców w całym kraju. W roku 2006 klub nie był w stanie sięgnąć po najwyższe miejsca w tabeli ligi kolumbijskiej z powodu wyprzedaży znacznej części najlepszych graczy. Mimo że omal nie udało jej się awansować do następnej rundy, to jednak 21 maja 2006 drużyna doznała ciężkiej porażki z Atlético Nacional. W 82. minucie meczu było już 3:0 dla rywali, a América grała w dziewiątkę z powodu 2 czerwonych kartek.