W roku 1813 osiadł we Lwowie (stąd przydomek „Mozart Lwowski”), gdzie mieszkał przez 25 lat i pracował jako nauczyciel gry na fortepianie. We Lwowie uczył się kompozycji u Johanna Mederitscha. Nie zaniechał jednak działalności koncertowej – w latach 1819–1821 odbył tournée po Europie – wystąpił m.in. w Warszawie, Elblągu i Gdańsku. W roku 1826 założył we Lwowie Lwowskie Towarzystwo św. Cecylii (działało w latach 1826-1829)Biogram F.X.W. Mozarta w: Michał Piekarski, Muzyka we Lwowie. Od Mozarta do Majerskiego. Kompozytorzy, muzycy, instytucje. Warszawa 2018, s. 131-133..
W 1838 wyjechał ze Lwowa i powrócił do Wiednia, gdzie dawał lekcje muzyki i koncerty. W 1841 przekazał cenne listy i pamiątki po swoim ojcu dla salzburskiej fundacji Dommusikverein und Mozarteum, za co otrzymał tytuł honorowego kapelmistrza tej instytucji.
Jest znany także z anomalii fizjologicznej zwanej uchem Mozarta. Anomalia ta ma przeczyć plotce mówiącej o rzekomych związkach Konstancji z kompozytorem i uczniem Wolfganga Amadeusa Mozarta – Franzem Xaverem Süssmayrem i potwierdzać ojcostwo Mozarta. Również imiona obydwu kompozytorów, które nosił, mają raczej podkreślać życzliwość jaką rodzina Mozartów kierowała się wobec Süssmayra, a nie cokolwiek innego.