W 1529 roku do Lozanny przybywa pochodzący z Delfinatu jeden z najwybitniejszych humanistów francuskich tamtych czasów i jednocześnie zwolennik reformacji, Wilhelm Farel. W 1536 roku Lozannę, a później cały obecny kanton Vaud zajęło zbrojnie Berno, które już wcześniej przyjęło reformację protestancką. Kościoły katolickie, z wyjątkiem katedry i kościoła pod wezwaniem Św. Franciszka, uległy likwidacji.
W 1723 r. berneńczycy krwawo stłumili próbę mieszkańców kraju Vaud uzyskania niepodległości. Przywódca ruchu, major Abraham Davel, został skazany na śmierć i ścięty 24 kwietnia 1723 r. w Vidy.
W 1797 miasto ze swoimi wojskami odwiedził Napoleon Bonaparte.
W 1803 utworzono kanton Vaud ze stolicą w Lozannie. Do rozwoju turystyki, przyczyniło się otwarcie linii kolejowej w 1856.
W okresie I wojny światowej Lozanna była jednym z ośrodków, wokół których grupowała się polska emigracja polityczna. 15 sierpnia 1917 z inicjatywy przebywającego tu wówczas Romana Dmowskiego został w Lozannie założony Komitet Narodowy Polski.
W latach 1922–1923 obradująca w tym mieście konferencja międzynarodowa opracowała traktat pokojowy po wojnie grecko-tureckiej.