Z Ligi Mistrzów zespół został wyeliminowany przez Dynamo Kijów, które jednak nie wystąpiło w rozgrywkach z powodu afery korupcyjnej. Na jego miejsce dokooptowano Aalborg BK, który stał się pierwszym w historii duńskim klubem w Lidze Mistrzów. W fazie grupowej jednak zespół poniósł pięć porażek i zanotował remis (z FC Porto). Po tym sukcesie do Rangers F.C. odszedł Erik Bo Andersen. Drugie mistrzostwo Aalborg zdobył w 1999 roku, pod wodzą szwedzkiego trenera Hansa Backe. W eliminacjach Ligi Mistrzów, ponownie trafił na Dynamo Kijów, które tym razem wyeliminowało klub z Danii (2:1, 2:2). W sezonie 2008/2009 zespół ponownie wystąpił w Lidze Mistrzów – w fazie grupowej zajął 3. pozycję. W 2014 zdobył mistrzostwo i puchar Danii. W sezonie 2014/2015 zakwalifikował się do Ligi Europy, w której doszedł do 1/16 finału. W sezonie 2022/2023 spadł z Superligaen po 36 latach gry na najwyższym szczeblu rozgrywkowym. W następnym sezonie powrócił do pierwszej ligi duńskiej.