Według różnych źródeł został on przywieziony do Warszawy z Wrocławia w 1520 lub Norymbergi w 1539 przez Jerzego Baryczkę. Krucyfiks został uratowany przed zniszczeniem podczas powstania warszawskiego.
Kaplica św. Jana Chrzciciela (patrona katedry), która składa się z zrekonstruowanego portalu z XVII w. oraz wnętrza, które jest dziełem artysty plastyka Zbigniewa Łoskota. Wnętrze kaplicy zdobi kopuła z mozaiką i ceramiczny ołtarz przedstawiający św. Jana Chrzciciela w otoczeniu proroków Starego Testamentu, wskazującego na Baranka Bożego. Po prawej stronie kaplicy znajduje się sarkofag kardynała Augusta Hlonda, Prymasa Polski, przeniesiony tu z podziemi katedry w 2006 roku. Płyta z renesansowego nagrobka kanonika i proboszcza Stanisława Strzelicy (rekonstrukcja) Płyta nagrobka braci: biskupa kujawskiego Mikołaja Wolskiego i kasztelana sandomierskiego Stanisława Wolskiego (obudowa architektoniczna została zniszczona w 1944 roku) epitafium burgrabiego krakowskiego Adama Parzniewskiego z 1614 roku epitafium sekretarza i koniuszego królewskiego Wojciecha Baryczki z 1643 roku barokowa kaplica Literacka z relikwiami metropolity warszawskiego świętego Zygmunta Szczęsnego Felińskiego klasycystyczny pomnik Stanisława Małachowskiego, wykuty z białego marmuru, zaprojektowany przez Bertela Thorvaldsena i wykonany przez Cavaliere