Kościół do XIX wieku stanowił przykład gotyku. W latach 1837–1842 (według innego źródła 1836–1840) będąca w złym stanie technicznym świątynia została gruntowanie przebudowana z funduszy rządowych w stylu neogotyku angielskiego według projektu Adama Idźkowskiego. Powstała m.in. nowa fasada z wieżową częścią środkową, otynkowana, o bogatej dekoracji kamiennej. W latach 1901–1903 miała miejsce kolejna renowacja fasady według projektu Hugona Kudery.
W czasie stanu wojennego w Królestwie Polskim, 15 października 1861 roku wojska rosyjskie dowodzone przez wojskowego generał-gubernatora warszawskiego Aleksandra Daniłowicza Gerstenzweiga dokonały pacyfikacji ludności cywilnej zebranej tu dla uczczenia rocznicy śmierci Tadeusza Kościuszki. W wyniku tego Kościół katolicki ogłosił 16 października zamknięcie wszystkich kościołów warszawskichStefan Kieniewicz, Warszawa w powstaniu styczniowym, Warszawa 1983, s. 93-95. Большой Русский Биографический Словарь.
Świątynia została uszkodzona w czasie obrony Warszawy we wrześniu 1939 i niemal całkowicie zniszczona przez Niemców w 1944.