W tym samym roku odbyły się w parafii Misje Święte, 22 października z okazji Misji Świętych odbyła się ulicami parafii uroczysta droga krzyżowa zakończona ustawieniem nowego Krzyża Misyjnego Roku Jubileuszowego 2000. 20 października 1999 r. została dokonana uroczysta Intronizacja Obrazu Matki Bożej Nieustającej Pomocy przez ks. biskupa Grzegorza Balcerka. 24 października 1999 r. odbyło się uroczyste poświęcenie miejsca Wieczystej Adoracji w dolnym kościele. W 2000 r. kościół zgodnie z rozporządzeniem Penitencjarii Apostolskiej został wyznaczony jako kościół jubileuszowy. W lutym 2002 nad wejściem od strony os. Jeziorany został wykonany i wstawiony pierwszy witraż w kościele, projektu Grażyny Strykowskiej z Poznania, przedstawiający krzyż w połączeniu ze sceną Ostatniej Wieczerzy. Również przy ścianie południowej zostały wstawione witraże przedstawiające sceny Męki Pańskiej: Anioł wskazujący na krzyż, Pojmanie, Dźwiganie Krzyża, Śmierć na Krzyżu, Pietà i Złożenie do Grobu. W maju 2002 roku rozpoczęła się budowa kawiarenki Emaus i Auli im. Jana Pawła II. We wrześniu 2002 r. zamontowano pierwszy dzwon na kościelnej dzwonnicy – Święta Faustyna. 8 listopada 2005 r.