Po tych wyborach, w 2002 PPI, Demokraci i RI zjednoczyły się w jednolitą partię (z działającymi wewnątrz frakcjami).
W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2004 i zwycięskich dla centrolewicowej Unii wyborach parlamentarnych w 2006 Stokrotka startowała na wspólnej liście Drzewa Oliwnego, które wygrywało te wybory. W 2004 uzyskała 7 deputowanych w PE, a w 2008 około 40 senatorów, wspólny klub Ulivo w Izbie Deputowanych XV kadencji liczył zaś blisko 200 posłów. Jeszcze w 2005 partia rozważała opuszczenie centrolewicowej koalicji z uwagi podjęcie współpracy z Odrodzeniem Komunistycznym. Decyzji tej zapobiegła zdecydowana wygrana bliskiego Stokrotce (chociaż formalnie bezpartyjnego) Romano Prodiego w prawyborach mających wyłonić wspólnego kandydata na nowego premiera i lidera bloku oraz niekorzystne dla niezblokowanych formacji zmiany w ordynacji wyborczej.
Po wyborczym zwycięstwie w 2006 działacze Stokrotki objęli 7 ministerstw w nowo powołanym rządzie. M.in. jej lider Francesco Rutelli został powołany na wicepremiera, Arturo Parisi na ministra obrony narodowej, nadto wywodzącego się z PPI Franco Mariniego wybrano na przewodniczącego Senatu.