Umożliwiało to szansę na start politykom młodszego pokolenia"BENIN: Profiles of front-runners in presidential race", Irin News, 3 marca 2006..
W pierwszej turze wyborów 5 marca 2006, mało znany opinii społecznej i niezależny Yayi Boni zajął pierwsze miejsce z wynikiem 35,5% głosów poparcia. Drugie miejsce zdobył Adrien Houngbédji, były przewodniczący Zgromadzenia Narodowego i wieloletni lider opozycji. Ponieważ żaden z kandydatów nie zdobył bezwzględnej większości głosów, 17 marca 2006 Boni zmierzył się z Houngbédjim w drugiej turze wyborów. Uzyskał w niej 74,6%, zdecydowanie wygrywając z rywalem. Wybory uznane zostały za wolne i demokratyczne. Houngbedji zaakceptował wyniki i złożył gratulacje zwycięzcy" Yayi Boni is Benin's next President", afrolNews, 23 marca 2006.. 6 kwietnia 2006 Yayi Boni został uroczyście zaprzysiężony na stanowisku prezydenta. 20 tysięcy osób świętowało na ulicach Porto-Novo pokojowe przekazanie władzy w kraju.