Dolina nazywana była Doliną Flag (Banderas) ze względu na barwne flagi noszone przez tubylców. Przez długi czas nie udało się jednak podporządkować lokalnych Indian Huicholi żyjących w niedostępnych dolinach i na zboczach Sierra Madre Occidental, na pograniczu dzisiejszych stanów Jalisco i Nayarit. Dopiero w 200 lat po zwycięstwie Cortésa, w 1772 misjonarzom franciszkańskim powiódł się projekt zbudowania tu pierwszych kaplic i kościołów katolickich. Ich praca misjonarska nie powiodła się jednak i blisko 100 lat później Franciszkanie opuścili te tereny. Norweski badacz Carl Lumholtz, który dotarł do Huicholi w 1890 zaobserwował, że ich oryginalne wierzenia były w dalszym ciągu praktykowane i nie znalazł śladu obrzędów chrześcijańskich. Wprowadzenie hodowli owiec, bydła oraz żelaznych narzędzi tylko w niewielkim, poniżej oczekiwań, stopniu wpłynęło na życie tubylców. Wyraźnym śladem obecności franciszkanów wśród Huicholi był wówczas rozpowszechniony zwyczaj używania kolorowych szklanych paciorków do dekoracji przedmiotów kultowych i powszedniego użytku.