Milinović był jednak zawiedziony brakiem sukcesów odnoszonych przez drużynę i przeszedł do drużyny Croatii Zagrzeb.
Sezon 1997/1998 jednak nie udał się Milinoviciowi, ponieważ trener nie stawiał na zawodnika, który na boisku pojawił się tylko 3 razy i wrócił na rundę wiosenną do Rijeki. Milinović może jednak się czuć współtwórcą sukcesu Dinama, który zdobył mistrzostwo Chorwacji i Puchar Chorwacji po zwycięstwie nad NK Varteks. Z Rijeką nie było już tak dobrze, zajął z zespołem dopiero 7. miejsce, ale wystąpił 14 razy na placu gry i zdobył 2 gole.
Sezon 1998/1999 był bardzo udany – po raz pierwszy Rijeka z Milinoviciem w składzie odniosła poważny sukces – zdobyła wicemistrzostwo Chorwacji, do którego zabrakło jednak tylko punktu. Nie udało się jednak w Pucharze Chorwacji, gdzie Rijeka odpadła w 1/8 finału po przegranej 1:0 na wyjeździe z Cibalią Vinkovci. Milinović pojawił się na boisku 30 razy i raz udało mu się pokonać golkipera rywali. Sezon 1999/2000 był również udany dla Rijeki, która zajęła 4. miejsce w lidze i zakwilifikowała się do europejskich pucharów. Nie do końca udało się w Pucharze Chorwacji, gdzie drużyna z Rijeki przegrała w ćwierćfinale z późniejszym zdobywcą tego trofeum, Dinamem Zagrzeb 1:2 i 2:2.