Królewicz przebywał w diecezji Fromborka, a gdy z królem udawał się do Szwecji, rządy biskupie w jego imieniu sprawował biskup pomocniczy Michał Erazm Działyński razem z archidiakonem warszawskim Jakubem Wierzbiętą Doruchowskim z Doruchowa herbu Niesobia i kanonikiem warmińskim Pawłem Piaseckim. Katedra we Fromborku została obdarowana przez młodego biskupa szatami liturgicznymi oraz złotą figurą św. Andrzeja.
W dniu 20 listopada 1632 roku Jan Albert Waza został mianowany biskupem krakowskim (po śmierci Andrzeja Lipskiego), a stanowisko biskupa Warmii przejął Mikołaj Szyszkowski. Królewicz rządy w biskupstwie krakowskim objął 27 lutego 1633 roku.
Jan Albert Waza sprawował urząd biskupa krakowskiego do 20 grudnia 1632 roku kiedy został ogłoszony kardynałem przez papieża Urbana VIII (in pectore w 1629 r.). Urząd biskupa Krakowa objął po Janie Albercie Jakub Zadzik. Po ujawnieniu nominacji kardynalskiej papież przydzielił Janowi Albertowi diakonię Santa Maria in Aquiro w Rzymie. W roku 1634 otrzymał z rąk Papieża Urbana VIII kapelusz kardynalski jako oznakę godności kardynalskiej.
Zmarł w wieku 22 lat w Padwie we Włoszech. Ciało sprowadzono do Krakowa.