Katsura, jej ojciec i Tsuda idą do tajnej bazy Kosmitów z 3. Planety z Czarnej Dziury, gdzie odbudowywany jest Mechagodzilla. Profesor Mafune domyśla się, że jego sponsorzy to przybysze z innej planety. Kierownik obcych – Mugal oferuje mu umieszczenie w Mechagodzilli urządzenie do sterowania Tytanozaura, by razem zrealizować cel zniszczenia ludzkości. Z bazy ucieka jeden z więźniów zmuszonych do pracy nad Mechagodzillą, którym okazuje się Kusagari, ocalały dowódca zniszczonej łodzi podwodnej. Wkrótce zostaje zabity.
Interpol pracuje nad ulepszeniem łodzi podwodnej na wypadek ponownego spotkania z Tytanozaurem. Równocześnie docierają do notesu profesora Mafune, wg którego Tytanozaur był łagodnym zwierzęciem, które rzadko atakuje pierwsze. Ichinose spotyka się z Katsurą celem omówienia notatek jej ojca. Ichinose mówi jej, że teorie profesora Mafune były słuszne. Zmieszana Katsura jest zdania, że powinni zarzucić badania i nie zgadza, by Ichinose ruszył na drugą wyprawę poszukiwawczą. W Manazuru profesor Mafune strofuje córkę za zadawanie się z ludźmi. Katsura mówi mu, że Ichinose wierzy w jego teorie.