Dyrekcja Lista dyrektorów: prof. dr hab. Sylwester Kaliski (1976–1978) dr inż. Sławomir Denus (1978–1987) w latach 1987–1993 IFPiLM podlegał MON, a przez 4 lata kierował nim kmdr prof. dr hab. inż. . dr Zygmunt Składanowski (1993–2010) dr hab. (2010–2024) dr hab. (od 2025)
Przewodniczącym rady naukowej do 2025 r. był prof. Ryszard Romaniuk. W 2026 r. funkcję tę objęła dr hab. Katarzyna Krajewska.
Organizacja działalności Instytut Fizyki Plazmy i Laserowej Mikrosyntezy jest nadzorowany przez Ministerstwo Energii. Jego działalność badawcza jest współfinansowana przez Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego (w ramach dotacji statutowej i współfinansowania międzynarodowych projektów badawczych), Narodowe Centrum Nauki, Narodowe Centrum Badań i Rozwoju oraz międzynarodowe instytucje i agencje finansujące badania: Komisję Europejską, agencję Fusion for Energy, Europejską Agencję Kosmiczną, Międzynarodową Agencję Energii Atomowej i konsorcjum Laserlab-Europe.