Częściej występuje na glebach o odczynie zasadowym, jednak można spotkać go i na glebach o odczynie obojętnym i nawet na kwaśnych (pH 6,3 - 8,0). W klasyfikacji zbiorowisk roślinnych gatunek charakterystyczny dla klasy (Cl.) Querco-Fagetea i związku (All.) Cephalanthero-Fagenion. Rośnie nie tylko w żyznych lasach liściastych, ale także na ich obrzeżach i na śródleśnych przydrożach, w lasach iglastych na siedliskach kwaśnych i ubogich, w zaroślach, na łąkach i wydmach. Gatunek wykazuje silne skłonności do przenikania na stanowiska półruderalne: notowany jest na terenach znacznie przekształconych antropogenicznie, np. w opuszczonych ogrodach, na podmiejskich nieużytkach, a nawet na hałdach kopalnianych.
Nektar zawiera pewne związki chemiczne o narkotycznym działaniu na owady. Wpływają na spowolnienie reakcji owadów wydłużając czas spędzany przez nie na kwiatach kruszczyka, mimo ich małej atrakcyjności. Zwiększa to szanse na zapylenie kwiatów. Dla owadów jest to niekorzystne, gdyż zbierają mniej nektaru i łatwiej padają łupem drapieżników.
Zmienność Tworzy mieszańce z: kruszczykiem drobnolistnym (Epipactis microphylla), kruszczykiem rdzawoczerwonym (E. atrorubens) i kruszczykiem sinym (E. purpurata).