Kierunki badań Profesor J. Nowacki zajmuje się badaniami motyli (Lepidoptera), w szczególności faunistyką, zoogeografią, ekologią i systematyką motyli z rodziny sówkowatych (Noctuidae) Zachodniej Palearktyki. Podejmuje także badania nad zagrożeniem owadów w Polsce. Profesor J. Nowacki opublikował liczne prace dotyczące sówkowatych z Karkonoszy, Tatr, Pobrzeża Bałtyku, Polesia Lubelskiego, Puszczy Augustowskiej, Puszczy Bukowej, Roztocza, Niziny Wielkopolskiej. Wykazał 20 nowych dla fauny Polski gatunków z tej rodziny.
Ważniejsze publikacje J. Nowacki. 1992. "Sówkowate (Lepidoptera, Noctuidae) Roztocza". Fragmenta Faunistica, 35: 397-414. J. Nowacki. 1992. "Materiały do oznania sówkowatych (Lepidoptera, Noctuidae) Puszczy Rominckiej". Wiadomości Entomologiczne, 11: 113-119. J. Nowacki., Rudny J. 1992. "Sówkowate (Lepidoptera, Noctuidae) Puszczy Augustowskiej". Wiadomości Entomologiczne, 11: 37-57. J. Nowacki. 1993. "Noctuid moths of the Bielinek Reserve (NW Poland) (Lepidoptera, Noctuidae)". Annales of the Upper Silesian Museum, Entomology 4: 5-11. J. Nowacki., Fibiger M. 1996. "Noctuidae"[in:] The Lepidoptera of Europe. A distributional checklist. O. Karsholt, J. Razowski (eds.). ApolloBooks, Stenstrup, Kobenhavn: 251-293. J. Nowacki. 1998. "The Noctunids (Lepidoptera, Noctuidae) of Central Europe".