Przednia część kadłuba mieści przedziały wyposażenia awionicznego oraz instalację do tankowania w powietrzu (zdemontowana po podpisaniu przez Związek Socjalistycznych Republik Radzieckich układu SALT). Miejsca w kabinie załogi rozmieszczone są w dwóch rzędach (samolot ma dwie pary odchylanych do góry drzwi): z przodu obok siebie siedzi dwóch pilotów, za nimi nawigator i operator uzbrojenia. Cała załoga dysponuje fotelami wyrzucanymi typu KT-1 klasy zero-zero, w systemie ratownictwa ASS.
Zarówno kadłub jak i skrzydła samolotu mają konstrukcję półskorupową z zintegrowanymi zbiornikami paliwa. Skrzydła samolotu podzielone są na część nieruchomą połączoną z kadłubem oraz ruchomą, której kąt skosu zmienia się automatycznie w czasie lotu w przedziale od 20° do 65° (dla Tu-22M3; wcześniejsze wersje miały mniejszy kąt maksymalny). Obie części łączą połączenia przegubowe. Każda ma budowę dwudźwigarową z hermetycznymi kesonami stanowiącymi zbiorniki paliwowe integralne. Ruch skrzydeł (zmianę skosu) zapewniają dwa silniki hydrauliczne ze śrubowymi siłownikami, poruszanymi dzięki dwóm niezależnym obwodom hydraulicznym (rozwiązanie zwiększające niezawodność). Przeguby umiejscowione są tak, aby obrót w pełnym zakresie nie powodował przesunięcia względnego środka parcia o więcej niż 2%.